Es un desorden crónico caracterizado por una severa inflamación que lleva a la ulceración del interior de la mucosa intestinal. Más a menudo afecta la parte baja del intestino delgado, pero puede envolver todo el tracto digestivo de la boca hasta el ano; no como la colitis ulcerativa que afecta la capa externa de tejido del tubo del intestino.
La enfermedad de Crohn envuelve las cuatro capas de la pared intestinal. Cuando afecta áreas sanas la cicatriz del tejido a menudo estrecha la luz del tubo intestinal. En algunos casos las asas intestinales llegan a ser parcial o completamente obstruidas. Cuando un área se cierra, se desarrollan en la luz del tubo una o más fístulas que unen una parte del intestino a otra, o a otro órgano.